I 1865 blev det nuværende tårn bygget med to klokker. Sct. Knuds Kirke er for øvrigt indtil i dag den eneste kirke inden for volden med et rigtigt klokketårn.
Pastor von Euch sørgede i 1872 for, at kirken blev grundigt renoveret og samtidigt udvidet. Kirken blev forlænget mod vest, så den nåede Schüttens skole. Indgangen mellem kirken og skolen blev erstattet med en smuk portal mod Sjællandsgade. Der, hvor indgangen også befinder sig den dag i dag, lå en spanier, ritmester Antonio Costa, begravet. Han skød sig 1808 og blev begravet i den lille smøge mellem kirken og skolen. Derfor var det nu nødvendigt at flytte kisten. Han blev så begravet i haven, dvs. den tidligere kirkegård, således at man kan sige, at Antonio Costa er den sidste, som blev begravet bagved kirken. Først i 1908 rejste man et pompøst monument over hans grav. Resterne af det er i dag stillet op ved Kirkens mur.
Orgelet blev fornyet og gulvet drænet og omlagt.
Den 4. august 1872 blev kirken genindviet.
Antonio Costas gravsten